Le collagène peut être dégradé par des protéases spécifiques, c'est-à-dire biodégradable. Parce que le collagène a une structure hélicoïdale serrée et ferme, la plupart des protéases ne peuvent que couper ses chaînes latérales. Seules des protéases spécifiques telles que la collagénase et l'élastase peuvent dégrader le collagène et rompre les liaisons peptidiques du collagène dans des conditions spécifiques. Une fois la liaison peptidique du collagène rompue, sa structure hélicoïdale est détruite et complètement hydrolysée en petits polypeptides moléculaires ou acides aminés. De petites substances moléculaires peuvent pénétrer dans le système circulatoire sanguin et être réutilisées ou métabolisées par l'organisme. La biodégradabilité est la base pour que le collagène soit utilisé comme matériau de greffe d'organe.
