Les méthodes de purification qui peuvent être utilisées pour le collagène comprennent le relargage, la dialyse, la centrifugation, l'électrophorèse et la chromatographie, dont le relargage, la centrifugation et l'électrophorèse sont les plus couramment utilisés. Puisqu'il est difficile d'être complètement séparé et de purifier le collagène par une seule méthode, l'opération réelle consiste à atteindre l'objectif de séparation et de purification du collagène par une méthode composite. La méthode de relargage utilise généralement du NaCl à haute concentration ; la méthode de centrifugation utilise généralement une ultracentrifugeuse préparative à basse température ; la méthode d'électrophorèse utilise principalement l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide dodécylsulfate de sodium (SDS-PAGE), qui peut être utilisée pour les deux collagènes. Il peut également être utilisé pour déterminer la masse moléculaire relative des molécules de collagène. Par exemple, certaines personnes utilisent la méthode en trois étapes de broyage, d'enzymolyse et de relargage pour purifier le collagène d'os de mouton Sunite de type I. Les substances non collagènes dans les os ont d'abord été retirées, puis 10 % de pepsine ont été ajoutés au culot, digérés à 4 degrés pendant 24 heures et centrifugés à 14,000 tr/min pendant 40 minutes. Jeter le précipité et ajouter du NaCl au surnageant pour que la concentration finale atteigne 0,9 moL/L, laisser reposer pendant la nuit, puis centrifuger. Le précipité final est du collagène de type I.
